Situado en el centro de Burgos, fue diseñado por el arquitecto Juan Navarro Baldeweg en el lugar donde siglos atrás estuvo el desaparecido convento de San Pablo, de la orden los dominicos. El Museo fue integrado en la declaración de los yacimientos de Atapuerca como Patrimonio de la Humanidad en 2015. El objetivo principal del MEH es conservar, inventariar y divulgar los restos arqueológicos procedentes de los yacimientos de la Sierra de Atapuerca. En el sello se puede ver la fachada del Museo y una imagen del cráneo conocido como Miguelón.
